En la segunda competición nacional del país, el Campeonato de España de Copa, ha logrado tres títulos, el primero como Club Ciclista de San Sebastián en 1909, el segundo en 1987 y el tercero en 2020, siendo finalista en cinco ediciones más. Los otros ocho son también considerados como históricos del fútbol español y todos ellos compiten actualmente en Primera División, salvo el Sporting de Gijón.